Núñez había desarrollado su pasión por el fútbol en el club Racing de General La Madrid hasta 2014. Luego de haberse probado en Huracán, finalmente en el año 2015 recaló en Boca, donde permaneció hasta el año 2019. Fue como mediocampista central, aunque rápidamente lo probaron de defensor central y lateral izquierdo aprovechando su salida con pierna zurda. Llegó a jugar hasta de delantero y participó de varios campeonatos Infantiles de AFA.
Compartió vestuario con otros futbolistas categoría 2004 como Valentín Colo Barco (hoy en Brighton), Mauricio Benítez, Lautaro Di Lollo, Ariel Molas y los hermanos Valentino y Tiago Simoni (continúan en Boca), Leonel Coira (Godoy Cruz) y Giovanni Ferraina, quien acaba de ser traspasado del Xeneize a Inter Miami. Con edad de Novena División, en el año 2018, Fermín viajó con este grupo al Tokio Internacional Youth Football, donde fueron dirigidos por Luis Topo Lúquez, quien lo llevó al Globo a principios de 2020 tras quedar libre en Boca, antes de la pandemia del coronavirus.
Quienes convivieron con él en Boca, recordaron su estrecha relación con el Colo Barco, Simoni y Mateo Mendia, quienes eran del Interior y se alojaban en la pensión de la institución. “Siempre quise jugar al fútbol en Boca, club del que soy hincha”, es lo que había declarado en una entrevista publicada en YouTube de la que participa junto a su padre, quien forma parte de la Peña “La Madrid Azul y Oro” vinculada al club de la Ribera.
“Descansa en paz, Fer, hermano”, fue el mensaje de Tiago Simoni en Instagram con un par de fotos juntos. Mateo Mendia también lo despidió: “Lo que te voy a extrañar, hermano. Siempre en mi corazón, Fercho”. Y Luciano Vallejos se sumó: “Volá alto, Fer querido”. Los tres son futbolistas que asoman en la Reserva y ya sumaron minutos de entrenamiento con la Primera de Boca. Pese a la distancia, la noticia no pasó desapercibida por Barco: “Descansa en paz, hermano. Te amo. Para siempre en mi corazón”.
